何故か、Bogo使用時カスタム投稿タイプの多言語ページでタクソノミーアーカイブが404になる場合があり、どうやらCustom Post Type UIでの作成で作った場合は大丈夫だが、function.phpで作ったものはだめなようだった。
諸事情でCustom Post Type UIで作り直せなかったので、色々試行錯誤していたところ、
register_taxonomyで設定する$argsで、"has_archive" => trueとしている記事を見つけ、あれ、Codexにそんなプロパティを持ってる説明はないぞ、と思いながらも設定してみたらなんと404が解消、、！
でも少し怖くて、"has_archive" => trueを外してみたのですが、なぜか404は解消されたまま。 なんだか怖いけど、解消されたからよし、ということにしている。 自己責任で試してください。。。

5/28追記
/%taxonomy_category%/%postname%/
にしたら404が再発。仕方なく戻しました。